Афанасій став Великим не за своє богослов’я, але за свою віру у Бога Христа. Він, перш за все, був ревним захисником нікейського Символу віри, тобто полемізував з аріанами, боронячи єдиносущності Отця і Сина. Навіть коли десь в середині IV ст. він залишився майже сам серед єпископів, що сповідували цю віру, це не похитнуло його вірою. Він став також Великим, тому що завдяки ньому забутий та неприйнятний Синод у Нікеї став Вселенським Собором, тому що рішення цього Синоду стали життєво важливі для Афанасія, а згодом – і для всієї Церкви.

Після Нікейського Собору 325 року більшість його учасників не квапилася розповсюджувати прийнятий там Символ віри. Захисників нікейських постанов було небагато, та й ті часто виявлялися непереконливими або вагалися в своїх висловлюваннях. Це давало прибічникам Арія перевагу, як в аргументах, так і в людях.

Одним з небагатьох, хто завзято, а подеколи і фанатично захищав нікейські рішення, був учасник Собору в Нікеї, Афанасій Олександрійський. Варто сказати на початку, що Афанасій захищав не літеру Символу – подібно, як і пізніше Константинопольський Синод – але його духа. Поняття homoousios (єдиносущній) в полемічних творах Афанасія зустрічається досить рідко, але він це поняття завзято захищає. Хоча, коли на просьбу єпископів вживати радше homoiousios («подібний істотою») ніж homoousios, Афанасій не погодився, бо ця перша формула, хоч і досить добра, однак не охоплює істину, що Син породжений «з істоти Отця». Тут не може бути подібності, але ідентичність, бо йде мова про одного Бога.

Те, що Афанасій найбільше захищав, це було Божество Ісуса Христа. А це тому, що згідно з переконанням Афанасія, лише Боголюдина може спасти людину, ніхто інший. Поняття, які вживав і захищав Афанасій, а саме «Боголюдина», «вочеловічення», «обоження», «Син Божий» не були нові, це все вже ввели до христології раніше Мелітон, Іреней чи Оріген. Тому в цьому плані Афанасій не був оригінальним. Він не був ні великим екзегетом, ні систематиком богослов’я. Говорячи про Логос, Афанасій використовував науку Орігена і взагалі – представників Олександрійської школи.

Тим, що було оригінальне у Афанасія – це енергія захисника віри та спосіб представлення доказів для свого захисту. Також переконливо доводив – про це говорилося і раніше, ще до Афанасія, але рідко, якби між іншим – що про Ісуса Христа належить думати не лише, що Він – Син Божий, але що Він – Бог, який явився у Христі.

Не зважаючи на те, що Афанасій був більш практиком, ніж теоретиком, що його не сильно цікавила філософія та філософування в теології, все таки спори з аріанами змусили його розвиватися, поглиблювати теорію, шукати аргументи. Тому христологія Афанасія також розвивалася: дещо примітивною вона була в першій половині IV-го століття, і вже досить розвинутою в другій половині.

Афанасій написав багато творів, більшість з яких полемічні, такі як «Про втілене Слово», «Апологія проти аріян», «Про Декрети», «Про Синоди», «Листи Серапіону» та багато інших.

На христологічне мислення Афанасія вплинув як Іреней, так і Оріген. Не абияке значення мав також неоплатонізм, який тоді домінував у богослов’ї. Тому вихідною точкою для христології Афанасія було повне розмежування між трансцендентним Богом і творінням. Про це також говорив Арій, однак цей останній поставив Христа по стороні творіння, в той час як Афанасій – по стороні трансцендентного Бога. Христос є в бутті Отця, повністю належить субстанції Отця. Ціллю Втілення Бога є обоження людини, щоб возвести людину у Христі до самого Бога.

Згідно з Афанасієм, Логос є Творцем і Відкупителем, ці речі в Логосі взаємопов’язані. Син є одним з Отцем, бо походить з єства Отця (ek ousias tou Patros). Тому Йому належить те саме поклоніння, що і Отцю. В Сині ми маємо Отця, хто не знає Сина (Бога), той не знає і Отця (Бога). Це було девізом всього життя Афанасія і за це він боровся всіма силами, не відступаючи ні на крок, не йдучи в цьому на жодні компроміси.

Щодо Трійці, то тут Афанасій залишався вірним Нікейському Синоду, розумів Трійцю динамічно, так як Оріген чи Тертуліан, а не статично, як це стало пізніше у Кападокійців, тобто що існує єдина субстанція Бога, Отець є її джерелом, а Син і Св. Дух походять с цієї субстанції, і тому рівні Отцю. Щоправда, не заперечує, що можна вживати по відношенню до кожної з трьох Осіб Трійці окреслення hypostasis, однак треба при цьому пам’ятати про лише Отець є принципом існування Трійці (поміркований монархіанізм). Крім того, Афанасій не хотів говорити про три іпостасі у Трійці тому, що Арій також говорив про три іпостасі, і розумів при цьому не рівність, але навпаки – тотальну відмінність між іпостассю Отця та Сина.

Щодо вчення про природу Христа, то тут Афанасій так само нічого нового не вніс, лише захищав ті положення, які підтверджували його головну тезу: Христос є Бог. На відміну від Орігена, Афанасій не говорить про душу Христа (psyche), що привело деяких дослідників до висновку, ніби Афанасій не визнавав існування у Христі людської душі. Мовчання однак не є відразу повним запереченням. Інші дослідники стверджують, що мовчання про душу Христа бралося у Афанасія з його підходу до антропології: Афанасій не повторює Аристотеля про душевно-тілесну структуру кожної людини, як форму і матерію, але базується на біблійних даних, де «тіло» означає «людину». «Слово стало тілом» (Йн 1, 14) в Новому Завіті означає не просто Втілення, але, як вже зауважив Оріген, «вочеловічення». Логос став такою самою людиною як ми, а не просто взяв наше бездуховне тіло, інакше, згідно з Афанасієм не могло б бути нашого обоження. Тим не менше, багато текстів з творів Афанасія не дають ні прямого, ні навіть посереднього натяку на існування у Христі людської душі.

Афанасій іде за христологічним принципом олександрійської школи, Logos-sarx, що Христос – це поєднання Слова з тілом. Подібний принцип сповідував теж Арій. Однак у Арія Христос хоч і був творінням, однак не людиною, а кимось посереднім між Богом і людиною, а місце душі зайняв Логос. Варто також сказати про вплив стоїцизму на мислення Афанасія, згідно з яким, людська душа в тілі є маленькою копією Логосу, який діє в світі, як у своєму тілі. Логос перебуває, згідно стоїків, у світі, як у своєму помешканні, світ є власністю Логосу. Логос є принципом життя та сили для світу, все, що раціональне в світі – це від Логосу. Чи таким принципом у Христі був також Логос-Слово, чи це Логос був єдиним раціональним та життєдайним рушієм Ісуса Христа? Безперечно, для Афанасія Логос відповідальний у Христі за все те, що стосується спасіння. Логос є принципом Ісуса Христа, Втіленого Слова.

Однак Афанасій не відкидає чисто натуральних дій Ісуса, або наприклад страстей Христа. Просто в полеміці з аріанами Афанасій концентрується на Логосі, а користуючись принципом communicatio idiomatum, не вагається приписувати Логосу людські атрибути Сина Божого. Звичайно, деколи настільки виключно говорить про Божество Христа, що здається, ніби забуває про Його людинність. Це тому, що Афанасій старався всіма силами доказати, що людські характеристики Христа в жодній мірі не відібрали в Нього трансцендентність та незмінність – типові Божі прикмети. Крім того, аріани, полемізуючи з Афанасієм і доводячи, що Христос – не Бог, показували на Його духовні страждання, терпіння, прохання про допомогу перед стражданнями, страх. Логос-Бог не може мати всього цього, а от Логос-творіння, що зайняв місце душі у Христі – так. Афанасій пояснював страх, страждання чи незнання Христа «симуляцією»: насправді, Христос не мав страху, а також Він все знав. Ці душевні «недосконалості» Афанасій перекидав на тіло Христа (sarx), щоб всілякою ціною не обтяжити цим Логос. Взагалі, тіло Христа Афанасій називає інструментом (organon), маючи при цьому на увазі інструмент нашого спасіння.

Подібно смерть Христа Афанасій розумів як відділення тіла від Логосу. В той сам час про смерть людини говорилося, під впливом грецької філософії, як розділення душі і тіла. Згадки Христа про свою душу в Євангеліях (див. Йн 10, 18; 12, 27) Афанасій інтерпретує в біблійному ключі: душа – це життя. Тому, коли Христос помер, залишилось Його тіло, яке потім поклали до гробу, а Логос зійшов до аду.

Як було сказано, біблійний вірш «Слово стало тілом» (logos sarx egeneto) (Йн 1, 14) став основою христології Афанасія. Єдність у Христі Афанасій пояснював тим, що Слово стало тілом, а не прийшло у це тіло, як твердив Павло Самосатський. Що однак означає стало? Що  Логос прийняв тіло? Або що Логос перетворився в тіло? Афанасій у своїх творах вагається між виразом «стати тілом» та «поселитися в тілі». Деколи видно, що «стати» означає у нього «прийняти». Крім того, Афанасій підкреслював, що навіть будучи поєднані живою спільнотою, Логос і тіло зберігають свої притаманні характеристики. Однак Афанасій мало концентрується на окремих «елементах» Христа, для нього важливіша єдність Логосу і тіла. У всякому разі, Афанасій не спромігся виразити словами, на чому полягає ця єдність між Логосом та тілом. Можливо, проблема була в деякій односторонності формули, яку він сповідував, Logos-sarx, тобто «Слово-тіло»?

Варто теж додати вчення Афанасія щодо Святого Духа. Деякі з тих, що прийняли постанови Нікейського Собору, не визнавали однак рівності Святого Духа Отцю і Сину. Ті, що не визнавали повного Божества Св. Духа, називали Його сотворінням, і що він походив з нічого (ex nihilo), а значить, що колись не існував. Також вважали, що це «Дух служитель», який сильно не відрізняється від ангелів, тільки ступенем. Про цих духоборців Афанасія повідомив його друг, настоятель одного монастиря в Єгипті, Серапіон. Афанасій написав кілька «Листів до Серапіона», в яких виклав також вчення про Св. Духа. Духоборцями (грецькою «пневмотомахи») називали (наприклад, св. Атанасій вживав цей термін) спочатку тих, які не приймали Божество Св. Духа (духо-борці). Пізніше їх називали македоніанцями, від імені Македонія (+ після 362), єпископа Константинополя. Македоніанці не прийняли постанов Константинопольського Собору, були активні ще у V віці.

Згідно з Афанасієм, Св. Дух немає нічого спільного по своїй природі і у своєму бутті з сотворіннями. Св. Дух має таку саму сутність, як і Син, тобто належить до Трійці, бо має Божественну природу (пор. Афанасій Великий, Листи до Серапіона, І, 27). Для Афанасія Трійця – це Бог. На відміну від попередників, які розглядали Трійцю у її діянні у світі, єпископ Олександрії розглядає внутрішньо-тринітарні відносини між Отцем, Сином і Святим Духом. Так як Син є образом Отця, так Св. Дух є образом Сина. Здається, перший раз в історії богослов’я появляється окреслення Св. Духа як єдиносущного (homoousios) Отцю.

У Афанасія нема ще таких термінів, як іпостась (лице) на визначення Осіб, тому що ці терміни у його часі вживали аріани. Так само не вживалося часто поняття prosopon (особа), бо вважалося воно досить примітивним, щоб застосовувати до Осіб Божих. Афанасій доводить Божество Св. Духа також через порівняння: так як з людини може родитися чи походити лише людина, так само з Бога може народжуватися або походити лише Бог. А тому у Отця, Сина і Св. Духа така сама природа (пор. Листи до Серапіона, ІІ, 2). Про спільне Божество Трійці Афанасій говорить також в зв’язку з місією Сина і Св. Духа у світі. Отець посилає Сина, і цей Син приходить до нас як Бог, бо Бог не може вислати від себе щось інше, ніж Він сам. Так само Син посилає Святого Духа, і Дух не може бути чимось іншим (по природі), ніж Син.

Святий Дух діє у людині як сила, що перемінює і що вділяє дарів. Але це не є дія лише самого Духа, тому що в Святому Дусі є також Син, який дарує, а в Сину є і Отець – джерело дарів (пор. Листи до Серапіона, І, 20. 30). Тобто Афанасій, розрізняючи особові характеристики Осіб Трійці, пов’язує Їх діяння у світі, підкреслюючи тим самим єдність Бога. Цікавий коментар дає Афанасій до слів Ісуса про гріх проти Св. Духа (пор. Мт 12, 32). Єпископ Олександрії вважає, що тут слово «дух» означає Божественну природу Христа, натомість «Син Чоловічий» – людську. Якщо отже хтось не повірить в Сина Чоловічого, тобто що Христос є людина, або Месія, або Божий пророк, це буде відпущено, якщо ж хтось не повірить що Христос – це Бог, Воплочене Слово, то такий гріх не може бути відпущений, ні на землі, ні на небі (пор. Лист до Серапіона, IV, 8с). Такий коментар Афанасій, скоріш за все, бере з контексту даного фрагменту, коли чудеса Христа, які свідчать про Його Божественну природу, приписувались Вельзевулу, бо як інакше могла б проста людина, навіть пророк, робити такі чудеса?

Афанасій став Великим не за своє богослов’я, але за свою віру у Бога Христа. Він, перш за все, був ревним захисником нікейського Символу віри, тобто полемізував з аріанами, боронячи єдиносущності Отця і Сина. Навіть коли десь в середині IV ст. він залишився майже сам серед єпископів, що сповідували цю віру, це не похитнуло його вірою. Він став також Великим, тому що завдяки ньому забутий та неприйнятний Синод у Нікеї став Вселенським Собором, тому що рішення цього Синоду стали життєво важливі для Афанасія, а згодом – і для всієї Церкви.